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ストーリー設定
歴史学者ショーン・ヘイスティングスによると、1506年にエツィオが宿敵チェーザレ・ボルジアとの決戦にナバラへと赴く際、時系列に不可解な現象が起きた。
アニムスからは、エツィオがナバラの海岸で謎の<秘宝>を見つけたという、わずかな記録のみ確認可能である。
この<秘宝>はカタリナ女王の廃位を企むテンプル騎士団が所有していたものである。
エツィオは夜陰にまぎれてテンプル騎士団の船に忍び込み、敵を倒し、船に火をつけた。その際に<秘宝>の入った宝箱を見つけ、安全な場所へ持ち運んだ。
そしてエツィオが宝箱のふたを開けた瞬間から、アニムスの情報は極めて不可解な状態となっている。
「まるで地震測定器の記録みたいな状態だ。DNAと地震の関係は不明だがね」と、その時の状況をショーンは語っている。
驚くべき事に、その直後時系列は17世紀のはじめに飛んでおり、信じられないことにエツィオが多数の武芸者と戦っている映像が映ったのである。
すぐに時系列は1507年に戻っており、エツィオが船でナバラへ出発している記録がアニムスにはっきりと示されている。
真実は謎に包まれたままである......。